本实验教学中心的组织架构如下图。由院领导班子及三大一级学科学术委员会著名学者教授组成中心顾问委员会；实验室主任全盘管理实验室工作和发展，各副主任分管三个层次的仿真实验教学课程。下设三大类别六大系列虚拟仿真实验教学资源，分中心打破学科壁垒，在基础、应用和研究层面的试验方面建立横向平台；在实验教学实施层面，为涵盖21个模块72个环节的三大类别实验资源分别设立分中心，由相关领域的中青年骨干教师担任分中心主任以及课程主管，由其分别协调各模块的校内外及国内外教师资源，执行实验教学任务。